Na Uniwersytecie Pedagogicznym w Krakowie prowadzone są stacjonarne studia doktoranckie w następujących dziedzinach naukowych:

Wydział Humanistyczny

Historia
Filozofia

Wydział Filologiczny

Językoznawstwo
Literaturoznawstwo

Wydział Politologii

Nauki o polityce

Wydział Geograficzno-Biologiczny

Biologia
Geografia

Wydział Matematyczno-Fizyczno-Techniczny

Matematyka
Fizyka

Wydział Sztuki

Sztuki piękne